ClearSeq AML HS

ClearSeq AML^HS je panel s molekulárními barkódy zaměřený na detekci 20 cílových genů u akutní myeloidní leukémie technologií sekvenování nové generace (NGS). Byl vyvinut ve spolupráci se špičkovými odborníky a umožní spolehlivou identifikaci mutací, insercí nebo delecí a fúzních genů ve vzorcích FFPE, krve a kostní dřeně. 

Hlavní přenosti ClearSeq AML^HS:

• jedinečná citlivost: Systém molekulární barkódování unikátně označí fragmenty DNA. Výsledky potvrzují detekci minoritních alel s frekvencí pod 1 %. 
• větší přesnost: Molekulární barkódy umožňují odlišit skutečné varianty od ochylek způsobených PCR. sekvenačních chyb nebo FFPE artefaktů.
• rychlejší řešení: Kompletní analýza je hotová během šesti hodin se vstupním množstvím vzorku 50 ng DNA.

Co přináší panel ClearSeq AML^HS nového:

• snížení vstupního množství vzorku z 200 ng na 50 ng DNA.
• zvýšení citlivosti - detekce alel s frekvencí pod 1 %
• vylepšené pokrytí genů CEBPA a RUNX1
• aktualizované koordináty exonů MPL a IDH2

Akutní myeloidní leukémie (AML) patří mezi nejčastější myeloidní neoplasmatická onemocnění, která postihují dospělé. Význam struktrurních chromozomálních variací v molekulární patogenezi AML byl dobře popsán¹. Sekvenování nové generace (NGS) znamenalo v posledních letech revoluci ve studiu hematologických malignit a pomohlo ukázat, že mutace hrají podstatnou roli v patogenezi AML. Screening vzorků AML pomocí NGS poskytuje více detailů o genomu a je podnětné pro dlouhodobou prognózu onemocnění, když je onkogeneze podmíněna mutací v transkripčních drahách.

ClearSeq AML byl navržen ve spolupráci s dr. Robertem Ohgami a dr. Danielem Arberem ze Standfordské univerzity. ClearSeq AML se zaměřuje na 48 vybraných exonů 20 genů, u kterých byly popsány časté mutace v souvislosti s myelodysplastickým syndromem a myeloproliferativní neplazmou u pacientů s AML. Díky vysoké citlivosti ClearSeq AML^HS je možná identifikace i ojedinělých variant v heterogeních nádorových vzorcích. Překonává tak omezení vlastního sekvenovacícho procesu. 

ClearSeq AML^HS využívá technologii HaloPlex^HS, která funguje na principu amplikonů, metodě přípravy vzorků pro NGS, která používá molekulární barkódy. Tato technologie umožňuje snížení detekce variant alel s frekvencí nižší než 1 %^2.  Molekulární barkódy jsou krátké oligonukleotidové sekvence, které se přidávají k cílových molekulám ve vzorku a slouží jako unikátní značky³. Po seřazení jsou čtecí rámce obsahující molekulární barkód analyzovány a vybrány odpodvídajcí sekvence. Rozdíly v sekvencích získané v populační menšině jsou považovány za artefakty amplifikace nebo sekvenování a z analýzy vyřazeny. Typické technologie založené na amplikonech detekují alely s frekvencí mezi 3 - 5 %. Molekulární barkódy zvyšují možnost spolehlivě dekekovat malé alelické frakce mutací spojených s leukémií.

¹ Betz BL, Hess JL. (2010) Arch Pathol Lab Med. 134(10): 1427-1433.

² M.A. Quail, Yong, Gu et al. (2012) BMC Genomics. 13: 341-354. Doi:10.1186/1471-2164-13-341.

³ L. Mamanova, D.J. Turner et al. (2010) Nature Methods. 7(2): 111-118. Doi: 10.1038/nmeth.1419

Určeno pouze pro výzkum, ne pro diagnostické účely.

ClearSeq AML^HS, ILM, 16

• objednací číslo G9963A
• velikost kitu: 16 reakcí
• kit obsahuje: próby, reagencie a HaloPlex Magnetic Beads
• kit je určen pro platformu Illumina

ClearSeq AML, ILM, 96

• objednací číslo G9963B
• velikost kitu: 96 reakcí
• kit obsahuje: próby, reagencie a HaloPlex Magnetic Beads
• kit je určen pro platformu Illumina

ClearSeq AML, ION, 16

• objednací číslo G9964A
• velikost kitu: 16 reakcí
• kit obsahuje: próby, reagencie a HaloPlex Magnetic Beads
• kit je určen pro platformu ION PGM

ClearSeq AML, ION, 96

• objednací číslo G9964B
• velikost kitu: 96 reakcí
• kit obsahuje: próby, reagencie a HaloPlex Magnetic Beads
• kit je určen pro platformu ION PGM

Více informací naleznete na stránkách firmy Agilent Technologies. Pro více informací, konzultaci aplikačního specialisty nebo cenovou nabídku pište prosím na dgg [at] hpst.cz.