Naučte se základní principy bioinformatické analýzy sekvenačních dat s využitím volně dostupného webového nástroje Galaxy.
Sekvenování nové generace (NGS) přináší spoustu možností, má ale i svá úskalí. Tato technologie poskytuje velké množství neuspořádaných dat, přičemž manipulace s nimi přesahuje možnosti běžných nástrojů v OS Windows, jako je např. Excel. Existuje sice řada uživatelsky příjemných komerčních programů, ty však zpravidla postrádají flexibilitu a stojí vás nemalé peníze.
• Potřebujete data z NGS zpracovat jinak, než vám umožǔjí nástroje pro Windows?
• Chcete vyzkoušet analýzu vašich vzorků pomoc alternativního přístupu?
• Chcete se vyhnout práci s linuxem a příkazovým řádkem, ale zároveň využívat nástroje pro pokročilou analýzu dat?
Vaším řešením může být Galaxy. Jedná se o webovou platformu dovolující práci s pokročilými nástroji pro analýzu genomických dat (variant calling, RNAseq analysis ...). Galaxy také umožňuje nejrůznější práci s textovými soubory (filtrování, pokročilé vyhledávání, agregace ...). Začít používat Galaxy je snadné. Stačí se zdarma zaregistrovat anebo nainstalovat Galaxy na váš server. Nabízíme vám dvoudenní kurz, který vám pomůže zorientovat se mezi velkým množstvím nástrojů a začít efektivně a samostatně analyzovat data z NGS.
Školitel: Mgr. Tomáš Hron, Ph.D
Délka školení: 2 dny
Místo: ve školící místnosti HPST, s.r.o., Na Jetelce 69/2, Praha 9 (v blízkosti Nádraží Vysočany)
Cena: na vyžádání
Více informací nebo přihláška: Tomáš Hron, tel. 605 325 350 nebo email tomas.hron@hpst.cz
Program: Seznámíte se se základy bioinformatické analýzy a s jednotlivými nástroji v Galaxy. Naučíte se zpracovávat sekvenační data, vytvářet workflows, sdílet výsledky s jinými uživateli a jiné. Budete mít možnost vyzkoušet si vyhodnotit i vlastní data pod dohledem zkušeného bioinformatika. Nápň kurzu se pokusíme maximálně přizpůsobit vašim potřebám.
- Úvod do bioinformatiky a NGS
- Seznámení s Galaxy
- Kontrola kvality sekvenačních dat
- Mapování sekvenačních dat
- Detekce variant
- Analýza exprese RNA
V případě zájmu o školení nás kontaktujte na dgg@hpst.cz
Ohlasy předchozích účastníků
"Jsem díky Vám mezi kolegyněmi za hvězdu!"
Mgr. Josef Včelák, Endokrinologický ústav, OME
"Ze školení jsem nadšená, řekla bych, že zcela splnilo to, co jsem od něj očekávala. Už si nyní dokážu mnohem lépe představit jednotlivé kroky analýzy i výstupy, které mi může analýza poskytnout. Tak už nezbývá, než si vše znovu vyzkoušet na vlastních datech :)"
Mgr. Markéta Wayhelová, OLG FN Brno
