Základní a pokročilé SW pro LC/MS

Mass Hunter Acquisition (pro QQQ, TOF, QTOF) - SW pro ovládání přístroje a sběr dat

• ladění a kontrola přístroje
• tvorba metod,vysvětlení jednotlivých parametrů, jejich funkce a optimální nastavení, využití různých akvizičních módů
• ladění a optimalizace SRM přechodů (Mass Hunter Optimizer)
• tvorba sekvenčních tabulek, spouštění jednotlivých nástřiků a sekvencí
• základní diagnostika a údržba LC a MS systému, mobilní fáze, adjustace elektrospreje, čištění iontového zdroje

Mass Hunter Qualitative ((pro QQQ, TOF, QTOF) - SW pro kvalitativní zpracování dat

• základní nástroje, extrakce vybraných chromatogramů, snímání spekter, práce s chromatogramy a spektry
• cílený screening, vyhledávání analytů podle sumárního vzorce, knihovny nebo seznamu látek
• necílené vyhledávání chromatogramů (dekonvoluce) a jejich identifikace podle databází a knihoven, výpočet sumárního vzorce
• export spekter a analytů do knihovny a dalších SW
• příprava dat pro kvantitativní analýzu

Mass Hunter Quantitative (pro QQQ, TOF, QTOF) - SW pro kvantitativní zpracování dat

• tvorba vyhodnocovacích metod pro SIM, MRM a HRMS data, vyhlazování, různé způsoby automatické integrace dvojpíků, širokých píků apod.
• kvantifikace analytů na základě kalibrační křivky či standarního přídavku
• nástroje pro rychlou kontrolu velkého množství chromatogramů pomocí funkce Compounds-at-a-Glance
• kontrola odlehlých výsledků, manuální úprava integrace, odečet blanku
• export výsledků

PCDL Manager (pro TOF, QTOF) - editace a tvorba HRMS knihoven

• vyhlédávání v databázi/knihovně, tvorba sub-databází pro cílený screening
• přidávání nového analytu, import naměřených produktových spekter, konverze přesné hmoty

Molecular Structure Correlator (MSC) (pro TOF, QTOF) - nástroj pro korelaci produktového spektra (MS/MS) se strukturním vzorcem

• import spekter, nastavení vyhledávacího algoritmu
• využití internetových zdrojů strukturních vzorců (Chemspider, PubChem) a knihovna Agilent

Mass Hunter ProFinder (pro TOF, QTOF) - SW pro extrakci signálů/píků z GC/MS, LC-HRAM a CE-HRAM dat pro diferenční analýzu

• korekce retenčních časů využívající polynomickou interpolaci signálů, aplikovaná před samotnou extrakcí signálů
• necílená i cílená extrakce signálů/píků, spojení souvisejících aduktů, vícenásobně nabitých iontů, dimerů i neutrálních ztrát
• korekce falešně pozitivních signálů - oprava špatně identifikovaných iontů a náhodně extrahovaného šumu, rekurzní analýza (oprava falešně negativních signálů)
• způsoby revize dat
• extrakce izotopologů pro studie mapující metabolismus pomocí izotopově značených látek

Mass Profiler (MP) (pro TOF, QTOF) - SW pro diferenční analýzu

• úvod do diferenční analýzy, zdroje variability, designování studie
• t-test, analýza hlavních komponent (PCA), fold-change a vizualizace dat, nalezení unikátních nebo statisticky významně odlišných analytů
• identifikace analytů pomocí knihoven Agilent nebo internetových databází (ChemSpider, Pubchem, NIST, Human Metabolite Database atd.)
• podpora analýz s využitím iontové mobility, prace s drift-time a CCS

Mass Profiler Professional (MPP) - pokročilá chemometrická platforma pro GC/MS, LC/MS, CE/MS a ICP/MS data. Školení na MPP předchází školení na ProFinder

• úvod do diferenční analýzy, zdroje variability, designování studie
• základní ovládání MPP, asistované workflow pro nalezení rozdílů mezi dvěma nebo více skupinami vzorků
• pokročilé statistické nástroje (ANOVA, t-test, analýza hlavních komponent, analýza klastrů, korelační analýza)
• tvorba diskriminačních modelů, klasifikace neznámých vzorků
• identifikace ovlivněných metabolitů nebo proteinů pomocí databází a knihoven, způsoby anotování látek
• modul Pathway Architect - mapování nalezených diferencí na metabolomické dráhy z BioCyc, WikiPathways nebo KEGG